La geografía del Parque Nacional es de alta montaña porque gran parte del territorio sobrepasa los 1000 msnm, con picos que superan los 3000 msnm. Abundan los lagos de origen glaciar cuaternario. Destacan, entre todos, dos valles: al oeste el valle del río San Nicolás, con sus característicos prados y meandros de los que proviene el nombre de "Aiguas Tortas" (aguas tortuosas). Al este el valle del río Escrita con el lago de San Mauricio.